Mit Einzug der Reformation in den fränkischen Stammlanden wurde Pappenheim 1539/40 protestantisch. Die Grafschaft hatte eine Gratwanderung der Rücksichtnahme zwischen dem katholischen Kaiser, dem noch dazu aus Pappenheim stammenden Bischof von Eichstätt und den kurfürstlich protestantischen Oberlehensherren in Sachsen zu bestehen.

Die spätere evangelisch-lutherische Stadtkirche mit ihren schmuckvollen Dachziegeln wurde schon 1476 im spätgotischen Baustil vollendet. Sie steht vermutlich auf den Fundamenten einer Marienkapelle, welche ihrerseits wiederum auf den Fundamenten einer jüdischen Synagoge aus noch früheren Zeiten ruhen soll.

Innen ist die Pfarrkirche in schlichtem, protestantischem Stil barockisiert. An den Wänden finden sich eine Vielzahl von Grabsteinen gräflicher Beamter und Dekane sowie Epitaphien der gräflichen Familie.

Das Alte Schloss